台南市轄內的二仁溪、鹽水溪及曾文溪流域，依據河川污染水質指標RPI顯示，河川水質有明顯改善趨勢，久違的烏仔等魚種再度出現，環保署考核結果，台南市得到全省河川組分組優等，顯示市長許添財投注河川整治的用心獲肯定。

台南市環保局指出，流經台南市之環保署水質測站主要包括，曾文溪的國姓橋、鹽水溪的鹽水溪橋，以及二仁溪的南萣橋，曾文溪國姓橋從97年起整體水質明顯優於往年，幾乎維持在輕度或未受污染，為境內三流域中水質最好的，改善率高達137%；鹽水溪鹽水溪橋95年及96年幾乎全落於嚴重污染，自97年6月起改善為中度污染，改善率達114%；二仁溪南萣橋97年整體水質亦明顯優於往年，97年7月、10月、12月更是出現從未有過的輕度污染，改善率高達125%。

值得一提的是，環保署於二仁溪生態調查發現，97年魚類共記錄18種1,191隻，比起91年的5種54隻，已高出許多，除出現許久不見的烏仔、加網、紅花、突鼻仔、金錢仔等，出海口、湖內排水及南萣橋觀測點更發現被視為輕度污染指標的三角仔、金錢仔等鰏科魚種。